有机食品认证程序是有时限的：
1、申请（1周）
直接向COFCC申请，COFCC将询问有关基础上的一些信息以便进行严格而可信的费用预算。
2、合同和费用预算（1周）
在所提供信息的基础上，第二周申请者会收到一份检查合同以及一份费用预算、检查程序、时间表和有关技术细节的说明。
3、检查（根据地区、产地情况时间可能不同3-7天）
COFCC指派一名有经验的检查员执行检查，他将提供一份详尽的检查时间表，并要求通知申请者在当地的合作伙伴等细节。
检查包括申请者的有机生产内部规章制度，生产地以及参观包装、房屋、仓库和加工厂，最新文件、记录和最终与申请者的讨论。
4、检查员报告（2周）
检查中的调查报告与有关文档一起寄到COFCC办公室。如检察员有疑问，可随时提出追加一次检查。检查员报告将在其检查完成后的2周内提交COFCC。
5、综合审查评估（3周）
认证中心将检查员报告的结果与COFCC《有机食品认证技术准则》进行对照，如经事先同意，还将应用附加标准。认证中心形成一份包括“有机生产是否符合准则要求以及改进措施”在内的“综合审查评估报告”。
6、颁证决议（2周）
认证中心将“综合审查评估报告”提交颁证委员会，颁证委员会将作出是否颁证昀决议。
7、付款及颁证（2周）
在检查开始之前须付款50%，当认证决议生效时必须付清余额并得到发票。COFCC将会在检查员检查后90天内颁发证书。